Η Κλινική συγκροτείται από τις εξής ειδικές μονάδες:
- Μονάδα Ενδονοσοκομειακής Νοσηλείας
- Μονάδα Εξωτερικών Ιατρείων
- Μονάδα Συμβουλευτικής Διασυνδετικής Παιδοψυχιατρικής
- Μονάδα Ψυχοθεραπείας
- Μονάδα Κοινοτικής Παιδοψυχιατρικής
- Μονάδα Εφήβων
- Ειδικό Ιατρείο Διατροφικών Διαταραχών
- Ειδικό Ιατρείο Διαταραχών Φάσματος Αυτισμού
Η Μονάδα Κοινοτικής Παιδοψυχιατρικής στεγάζεται στο «Χριστοδουλάκειο» Ίδρυμα, Λ. Κηφισίας 128, τα Εξωτερικά Ιατρεία, η Μονάδα Εφήβων και το Ειδικό Ιατρείο Διατροφικών Διαταραχών στεγάζονται σε κτήριο επί της οδού Βασ. Γεωργίου 44 στο Χαλάνδρι.