Η Πανεπιστημιακή Παιδοψυχιατρική Κλινική αποτελεί συνέχεια του "Τμήματος Ψυχολογικής Παιδιατρικής και ανήκει στον Παιδοψυχιατρικό Τομέα του Νοσοκομείου Παίδων Αθηνών "Η Αγία Σοφία". Το "Τμήμα Ψυχολογικής Παιδιατρικής" ιδρύθηκε το 1977 και άρχισε να λειτουργεί τον Μάιο του 1978 υπό τη Διεύθυνση του Αναπλ. Καθηγητή Παιδοψυχιατρικής κ. Ι. Τσιάντη.
Ήταν η πρώτη Παιδοψυχιατρική Ομάδα σε Γενικό Νοσοκομείο στην Ελλάδα. Αρχικά η Παιδοψυχιατρική Ομάδα ήταν στελεχωμένη από έναν Παιδοψυχίατρο, τον Δ/ντή του Τμήματος, κ. Ι. Τσιάντη, μία Ψυχολόγο και δύο Κοινωνικούς Λειτουργούς. Το Τμήμα λειτουργούσε με εξωτερικό Ιατρείο για παιδιά και οικογένειες από την κοινότητα και παρείχε επίσης υπηρεσίες Διασυνδετικής-Συμβουλευτικής στις Κλινικές και τα άλλα τμήματα του Νοσοκομείου.
Το 1980 στα πλαίσια ανάπτυξης προγράμματος Κοινοτικής Παιδοψυχιατρικής και παράλληλης μελέτης της Ψυχικής Υγείας των Παιδιών άρχισε να λειτουργεί η Μονάδα Κοινοτικής Παιδοψυχιατρικής εκτός Νοσοκομείου, η οποία αρχικά στεγαζόταν στους Αμπελοκήπους και στη συνέχεια στο Κτίριο του "Χριστοδουλακείου" Ιδρύματος, Λεωφ. Κηφισίας 128 (με δωρεά στο Νοσοκομείο από το Ίδρυμα με παραχώρηση για χρήση του 1ου ορόφου από την Πανεπιστημιακή Παιδοψυχιαατρική Κλινική). Την τελευταία τριετία η Μονάδα στεγάζεται στο κτίριο του ΚΕΨΥΕ (βλ. παρακάτω) λόγω κτιριακών προβλημάτων του κτιρίου του "Χριστοδουλακείου" και μεγάλης καθυστέρησης στην αποκατάστασή τους. Η Μονάδα αυτή καλύπτει το 7ο Δημοτικό Διαμέρισμα του Δήμου Αθηναίων για θέματα ψυχικής υγείας παιδιών, εφήβων και των οικογενειών τους.
Το 1984 με την αύξηση της δύναμης του Τμήματος σε εξειδικευμένο προσωπικό αναπτύσσονται ξεχωριστές Μονάδες Ιατροπαιδαγωγικού Κέντρου (Εξωτερικών Ιατρείων) και Συμβουλευτικής-Διασυνδετικής και παραχωρείται από την Σχολή Αδελφών Νοσοκόμων του Νοσοκομείου χώρος ώστε να στεγαστούν οι Μονάδες του Τμήματος Ψυχολογικής Παιδιατρικής. Τον ίδιο χρόνο (1984) το Τμήμα αποτέλεσε έναν από τους 4 τομείς του Νοσοκομείου -τον Ψυχιατρικό Τομέα- στα πλαίσια του Εθνικού Συστήματος Υγείας (Ε.Σ.Υ.).
Το 1986 στα πλαίσια προγράμματος "Καταπολέμησης του Κοινωνικού Αποκλεισμού", χρηματοδοτούμενου από το Ευρωπαϊκό Κοινοτικό Ταμείο (Ε.Ο.Κ.), ιδρύθηκε το Κέντρο Εκπαίδευσης και Κοινωνικής Υποστήριξης Νέων (Κ.Ε.Κ.Υ.Ν.) για άτομα με χρόνια νοσήματα (μεσογειακή αναιμία και αιμορροφιλία). Το Κ.Ε.Κ.Υ.Ν. μετεξελίχθηκε το 1996 σε Κέντρο Εκπαίδευσης και Ψυχοκοινωνικής Υποστήριξης Εφήβων (Κ.Ε.Ψ.Υ.Ε.) για νεαρά άτομα με χρόνια προβλήματα ψυχικής υγείας. Η Μονάδα αυτή δημιουργήθηκε στα πλαίσια του κανονισμού 815/84 της Ε.Ο.Κ.και στεγάζεται σε ιδιόκτητο οίκημα του Νοσοκομείου Παίδων "Η Αγία Σοφία" (Βασ. Γεωργίου 43, Χαλάνδρι). Στο ίδιο κτίριο τα τελευταία τρία χρόνια στεγάζεται το Ειδικό Ιατρείο Διαταραχών Φάσματος Αυτισμού και η Μονάδα Εφήβων.
Το 1987 για πρώτη φορά στην Ελλάδα δημιουργείται Ομάδα στήριξης για παιδιά-φορείς AIDS και τις οικογένειές τους.
Την ίδια χρονιά επίσης άρχισε η λειτουργία του Τμήματος Ενδονοσοκομειακής Νοσηλείας (Τ.Ε.Ν.), στο κεντρικό κτίριο του Νοσοκομείου, δυναμικότητας 6 κλινών. Το 1994 το Τ.Ε.Ν. μεταφέρθηκε στη νεοσύστατη τότε "Πτέρυγα Δοξιάδη" με αύξηση της δυναμικότητάς του σε 10 κλίνες. Συγχρόνως μεταφέρθηκαν στον ίδιο χώρο και οι υπόλοιπες μονάδες του Παιδοψυχιατρικού Τομέα όπου στεγάζονται μέχρι σήμερα. Ο όροφος αυτός κατασκευάστηκε στα πλαίσια του κανονισμού 815/84 της Ε.Ο.Κ.
Το 1997 άρχισε η λειτουργία νέας μονάδας Εξωτερικών Ιατρείων - Σΰμβουλευτικής Διασυνδετικής Β΄.
Το 1999 με την υπ' αριθμόν Α1 α/14023/98 κοινή απόφαση του Υπουργού Εθνικής Παιδείας και του Υπουργού Υγείας και Πρόνοιας ορίζεται η εγκατάσταση της Παιδοψυχιατρικής Κλινικής της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Αθηνών στο Νοσοκομείο Παίδων "Η Αγία Σοφία".